3 Temporada:Lista de Episódios

27-"Ben 10.000"
Gwendolyn manda Ben e Gwen ao futuro, como uma surpresa para o aniversário de Max. No futuro, eles encontram Dr. Animal e Vilgax, bem mais fortes do que antes. Ben e Ben 10.000 (ele já adulto) se encarregam de lutar com Vilgax, onde Ben 10.000 mostra 3 novos aliens: Cuspidor, Megawhatt e Iguana Ártica, enquanto Gwendolyn e Gwen com a ajuda do Vô Max, se encarregam do Dr. Animal. No final, Ben 10.000 dá um cubo de metal com um botão à Ben e quando Ben e Gwen voltaram ao passado, Ben apertou o botão e apareceu um bolo. Transformações principais: Ben: XLR8, Insectóide, Ultra T, Raio de Canhão e Diamante. Ben 10.000: Diamante, Quatro Braços, Besta, XLR8, Insectóide, Chama, Raio de Canhão, Cuspidor, Megawhatt e Iguana Ártica. Vilões principais: Vilgax e Dr. Animal do Futuro.
28-"Loucura Noturna"
Ben estava num shopping que tinha tudo que uma criança podia querer e vai assistir com Gwen o show de Sublimino,Ben é hipnotizado por Sublimino,um hipnotizador,ele se levanta à 00:00 (Meia-Noite) e usa seus heróis alienígenas para roubar coisas para ele,que quer montar um relógio gigante para hipnotizar todo o mundo. Transformações principais: Besta e Vinha Selvagem (Ben) Diamante, Ultra-T e Chama (Ben do Mau) e Massa Cinzenta (Ben Servindo a Gwen). Vilão principal: Sublimino.
29-"Mudança de Rosto"
Vestido como personagens da idade média, para honrar sua história, Ben, Gwen e Vô Max ouvem uma explosão em um edifício próximo. Mas quando Ben vai ao salvamento, Encantris está esperando lá com um ataque surpresa à Ben e ao Omnitrix. Ela lança um feitiço para trocar de corpo com Ben, mas Encantris acaba trocando com Gwen. Gwen,que está no corpo de Encantris, vai à prisão e Encantris, que está no corpo de Gwen, tenta refazer a troca, para trocar com Ben e ficar com o Omnitrix. Agora Gwen deve encontrar uma maneira sair da prisão e voltar ao seu corpo. Encantris tenta usar o feitiço de novo, Encantris vira ela mesma só que Gwen e Ben trocam de corpo. Encantris usa o último feitiço e Ben volta ao seu corpo e Gwen também. Transformações principais: Insectóide, Diamante e Raio de Canhão. Vilã principal: Encantris.
30-"Feliz Natal"
Ben e Gwen estão com muito calor e vêm um parque temático do natal funcionando por uma identidade má que tem uma máquina que faz tudo ser completamente mágico. Ele faz os elfos pensarem que Max é o Papai Noel e manda soldadinhos e ursinhos de pelúcia gigantes para pegar a Gwen e XLR8 que se encontram com um elfo e acabam virando elfos também. Gwen se disfarça de elfo e a Besta, de rena. Massa Cinzenta consegue destruir a máquina, eles e todo o mundo conseguem ter um Natal feliz. Transformações principais: Massa Cinzenta, XLR8, Besta, Massa Cinzenta e Insectóide. Vilão principal: Sr. Dingles. Companheiro Principal: Elsgood.
31-"Lobisben"
Ben estava lutando com o Yenaldooshi como Cipó Selvagem e o Omnitrix desarma e o Yenaldooshi arranha o Omnitrix. O Omnitrix começa a brilhar amarelo ao invés de vermelho. Antes, Ben fica apaixonado por uma menina chamada Kai. Mas as coisas mudam, porque Ben começa a se transformar lentamente em lobo e eles pensam que o Yenaldooshi mordeu Ben e tentam reverter o processo e Ben descobre que Omnitrix sumiu do seu braço e Gwen descobre que Ben já está transformado em alien e começa a lutar com o Yenaldooshi e o derrota como Raio de Canhão. Transformações principais: Vinha Selvagem, Lobisben e Raio de Canhão. Vilão principal: Yenaldooshi. Companheiros Principais: Kai Green e Wes Green.
32-"Fim de Jogo"
Está chovendo muito e Ben está jogando seu videogame. Gwen está entediada e pergunta para Ben se ela pode jogar um pouco. Ele deixa. Gwen ainda bate o recorde, mas Ben vira o Ultra T e baixa sua pontuação para 0. Ela tenta tirar o Ben de lá, mas um raio bate na Lata Velha e acaba teletransportando os dois para dentro do jogo. Ben descobre que o Omnitrix não está transformando em alien e quando vai para o Nível 2, acha uma moeda com o Quatro Braços nela. Ele a pega e vira Quatro Braços e acaba se encontrando com Ishyama (Personagem de Sumo Slammer). Depois de voltar ao normal, Ben descobre que o Omnitrix só pode transforma-lo em Quatro braços. Eles descobrem que Ben precisa chegar ao ícone do Ultra T que está na fase 13 em uma arena antes que Kenko a use para ir ao mundo real e dominá-lo. Ishyama mostra um atalho a ser seguido. Eles chegam a uma estátua que os dá uma charada. Ben acha o ícone do Bala de Canhão e Kenko aparece e deixa alguns de seus capangas. Gwen mata o enigima e eles vão para o nível 13. Eles enfrentam Kenko e Ben acha o ícone do Ultra T e voltam ao mundo real. No final, aparece Vô Max jogando. Transformações principais: Ultra T, Quatro Braços, Raio de Canhão e Ultra T. Vilão principal: Kenko. Companheiro Principal: Ishyama.
33-"Monstro Climático"
O Vô Max leva os netos para assistir uma banda dos velhos tempos. No noticiário, um inventor inventa um robô capaz de controlar o tempo. Quando ele mandou fazer chover, um raio acertou o robô e o deixou doido. Primeiro o robô faz um monstro de água e Chama o derrotou e depois o robô fez uma nuvem monstro que lançava raios mas, o XLR8 o derrotou. Depois, ele fez uma mistura dos dois monstros. Ben descobre que fortes ondas sonoras o derrotariam e ele tenta tocar duas guitarras ao mesmo tempo só que o Omnitrix fez ele voltar ao normal e ele não conseguiu tocá-las mas ele toca só uma bem forte e ele e todos conseguiram assistir o show, todos cobertos de um tipo de lama cinza. Transformações principais: Chama, XLR8 e Quatro Braços. Vilão principal: S.A.M. Companheiro Principal: Vance
34-"As Aventuras dos Super Heróis Alienígenas"
Na hora de Ben assistir ao seu programa favorito, Canguru Comando, Ben descobre que foi trocado pelo programa As Aventuras dos Super Heróis Alienígenas, estrelando Mãozinhas (Quatro Braços), Flamejante (Chama) e Lobocão (Besta). Ben não gostou disso e resolveu ir ao estúdio para reclamar. Mas descobre que Abel Norte (brincadeira com Adam West), a pessoa que interpreta o Canguru Comando, foi seqüestrado pelo seu irmão, que quer acabar com os dois desenhos. Transformações principais: Chama, Quatro Braços, Insectóide e Vinha Selvagem. Vilão principal: Adam West. Companheiro Principal: Abel Norte.
35-"Enrolados"
Para que Ben e Gwen entendam o valor do trabalho duro, o vovô os levam a uma fazenda. Porém, uma Múmia Alienígena chega para pegar um elemento raro e perigoso chamado Corondium que pode transformar qualquer pessoa ou animal em um escravo da Múmia. O Omnitrix coleta o DNA da Múmia. Quando Ben vai se transformar na Múmia, ele vira o Ultra T e congela a Múmia alien. Transformações principais:XLR8, Diamante e Ultra T. Vilão principal: Múmia Alien. Companheiros Principais: Joan e Todd.
36-"Os Desnaturados"
Ben vai assistir a um jogo de Beisebol e se encontra com e J.T. e Cash do episódio.E Então Eram 10 Ben vira XLR8 para a sua escola ganhar, mas Ben descobre que quem estava jogando contra a sua escola eram robôs fantasiados de crianças. Os robôs tinham a intenção de trocar o presidente do Estados Unidos por um robô (os robôs foram criados pela A Organização), mas o Quatro Braços deteu o robô chefe que era o treinador do time. Transformações principais: Massa Cinzenta, XLR8, Diamante e Quatro Braços. Vilões principais: Enock e os Forever Knights. Companheiros Principais: Cash e J.T.
37-"O Retorno"
Ben vê uma tempestade horrorosa. Mais pra frente, descobre que isso só pode ser obra de três velhos inimigos seus: Yenaldooshi, controlado por um doutor revoltado, Viktor, Fantasmático e a Múmia Alien. Porém, Ben não sabe que este dia é cheio de supresas. O doutor que controla o Yenaldooshi e a Múmia pode transformar-se num tipo de monstro, que controla um tipo de energia roxa, derivada da tempestade. Enquanto isso, Max e Gwen foram enviados para o espaço por Viktor. Transformações principais: Insectóide, Benmúmia, Raio de Canhão e XLR8. Vilões principais: Fantasmático, Dr. Viktor, Múmia Alien e Yenaldooshi. Companheiro Principal: Roger Shuemann.
38-"Tenha Medo do Escuro"
O retorno do Fantasmático faz o maior desastre para nossos heróis. O vovô e a Gwen devem tratar da Múmia alien no espaço enquanto Ben tem que tratar do Fantasmático e do Dr. Viktor. Fantasmático mau revela então seu plano: planeja cobrir a Terra com Coródiun para que a luz solar não alcance o Planeta Terra de modo que possa governar. Com o poder de um alienígina novo no relógio (Benfrankstein), ele solta raios e pensa ter derrotado Fantasmático mau. Quando todos estão voltando para a Terra, Fantasmático ataca novamente e Ben o derrota definitivamente, o colocando perto do Sol. Depois, quando Ben volta para a Terra, vê o Fantasmático no Omnitrix. Cenários: Base da N.A.S.A e Espaço Sinderal. Transformações principais: Massa Cinzenta, Ultra T, Benfrankstein e Raio de Canhão. Vilões principais: Fantasmático, Dr. Viktor, Múmia Alien e Yenaldooshi.
39-"A Visita"
A alienígena Xylene, transportadora do Omnitrix, quer o omnitrix de volta, mas Max a conhece desde que virou Encanador. Ben não esta disposto a isso. Mas, um robô de Vilgax, está roubando peças de coisas mecânicas para ficar mais forte e recuperar o Omnitrix. Xylene mostra um novo alienígena para Ben: Glutão que veio bem na hora que o poder dele seria necessário. Transformações principais: Besta, Chama, Vinha Selvagem, Quatro Braços, Diamante e Glutão. Vilão principal: Mega Dróide. Companheira Principal: Xylene.